为适应社会主义市场经济发展的需要，按照社会发展总体规划，根据新时期卫生工作方针和战略重点，强化宏观管理和对全市卫生工作的业务指导，搞好防病治病工作，提高人民健康水平。重点加强综合规划和执法监督工作，弱化对直属单位的直接管理和减少不必要的行政干预，使事业单位逐步实现自主管理，将有关辅助性、技术性、服务性的工作委找或授权有在协会、学会和事业单位承办。
    市卫生局是市政府主管全市卫生工作的职能部门，主要职责是：
（一）贯彻执行党和国家卫生工作的方针、政策和法规，制订并组织实施全市卫生事业发展总体规划和计划及各项技术标准。
（二）依照卫生法律、规章和标准对社会公共卫生、劳动卫生、食品、药品、医用制品和生物材料、医疗器材行命名监督职权，对重大疾病及医疗质量等实行监测。
（三）贯彻党的中医政策，坚持中西医结合方针，积极发展现代医药学和传统医药学。
（四）制订全市初级卫生保健计划和疾病防治计划，进行健康教育和卫生宣传，开展爱国卫生运动，组织实施全市农村改水、改厕规划，负责传染病、地方病和其他常见、多发病的防治工作。
（五）制订有关社会医疗保险制度并组织实施。
（六）制订全市重点医学研究发展规划，组织重大医药卫生科研攻关、新技术开发，推动医药科技为卫生事业发展服务。
（七）负责公费医疗和老干部、高级专家的医疗保健工作。
（八）负责妇女、儿童保健工作；协同有关部门制订计划生育技术的卫生标准。
（九）协助有关部门管理中等医学教育、成人医学教育工作，负责卫生系统人员的岗位培训、继续医学教育及乡村医生教育工作。
（十）负责管理市直卫生单位的计划财务、基建、统计、国有资产，会同有关部门制订医疗卫生收费标准，并实施监督、检查。
（十一）负责全市医疗卫生单位职业道德教育、法制教育，促进卫生行业的社会主义精神文明建设。
（十二）遇有重大突发事件和自然灾害，在市市政府统一领导下，组织调动全市的卫生技术力量协助政府和有关部门抢救伤病员，防止和控制疾病的发生、蔓延。
（十三）承办市政府交办的其它事项。

市卫生局内设10个职能科室。
（一）办公室
协助局领导组织综合调研和协调工作，负责起草全市卫生工作的重要文件；负责会议组织、宣传、信息、文电处理、秘书事务、机要保密、档案管理、安全保卫、后勤管理等工作。
（二）人事科（挂老干部科的牌子）
负责局机关和直属单位的人事管理、劳动工资工作；负责局机关离退休人员的管理和服务工作，指导和协调局直属单位离退休人员的管理和服务工作。
（三）计划财务科
制订全市卫生事业发展总体规划、中长期和年度计划，会同有关部门制定医疗卫生收费标准；负责局机关和直属医疗卫生单位的计划财务、基本建设、业务收入核算、综合效益评价、内部财务审计及卫生事业经费和专项资金的管理工作；监督管理市直卫生事业单位的国有资产和大型医疗设备的引进；负责卫生资源的管理使用和卫生统计工作。
（四）医政科
制订全市医疗事业发展规划和服务标准，制订医疗机构管理标准和医疗技术人员行业标准，并实施监督管理，制订初级卫生保健规划并指导督促实施；制订全市医疗重点专科建设以及老年卫生、精神卫生、康复医疗的规划；负责社会办医、个体开业管理、医疗广告审批、全市公民义务献血和各级采供血机构管理及医疗事故的鉴定；协助政府和有关部门做好全市征兵、升学体检工作和对重大人员伤亡事故实施紧急救护工作。
（五）防疫科
制订全市重大传染病、寄生虫病及严重危害人体健康疾病的防治规划并实施监测，制订疾病控制的措施与规章制度并监督实施；遇到重大疫情和自然灾害的发生、蔓延；监督实施劳动卫生、食品卫生、饮水卫生、学校卫生、环境卫生、放射卫生及化学保健品卫生等法规、标准及防治规划；负责宣传贯彻《母婴保健法》制订有关妇女保卫祖国健、儿童保健、优生优育工作的发展规划、规章制度、卫生标准，并组织实施会同有关部门制订计划生育技术的卫生标准，协同有关部门做好计划生育技术服务的质量监督和业务指导。
（六）药政科
负责全市的药品监督管理工作，制订全市药品监督的发展规划和政策，监督、检查药政法规在辖市内的实施情况，会同有关部门监督管理麻醉、精神、毒性药品和放射性药品，监督、检查药品生产、经营、使用单位的药品质量以及医疗单位的制剂工作；监督药品宣传（包括广告宣传）；核发《药品经营企业许可证》，组织并参与查处违反《药品管理法》的重大案件。
（七）中医科
贯彻执行国家有关中医工作的方针政策、法规和条例，制定并实施中医行业发展规划和年度计划，负责各类中医药、中西医结合机构宏观管理和业务指导，贵中医社会办医和个体开业的管理工作。
（八）科技教育科
负责市、县卫校和科研机构的管理工作；组织制订全市医学教育、重点科研项目发展规划，协助有关部门管理中等医学教育、成人医学教育、卫生人员高等教育自学考试工作。负责卫生系统工作人员的继续医学教育、乡村医生培训工作；协调有关部门做好市、县市卫校的医学院校学生的临床实习；组织科研成果鉴定、推广和转化工作；负责世界银行贷款卫IV项目实施的管理工作。
（九）周口市爱国卫生动动委员会办公室
制订全市爱国卫生运动计划并组织实施；组织群众性的社会卫生监督活动，开展城乡社会性公共卫生管理及检查工作；负责组织协调农村改水、改厕和城乡除四害防病活动；开展卫生宣传和健康教育活动。
（十）地方病防治办公室
制订并实施全市地方病防治总体规划，协调政府有关部门落实地方病防治措施及防治经费；推进降氟改水防治地方性氟中毒，开展地方病防治的科研攻关，搞好病情调查与主治评估，贯彻实施国务院《食盐加碘消除碘缺乏危害条例》，组织开展食盐加碘消除碘缺乏病工作。