内设12个职能机构。
（一）办公室
负责综合、分析全市纪检监察工作情况，组织起草工作计划、报告和有关文件；承担委员会及有关会议的会务工作；负责文书处理、机要通信、档案管理、案件统计、编发信息等工作；负责机关行政事务和后勤管理。
（二）监察综合室
负责收集、综合行政监察工作情况，处理日常行政监察事务；承办市市政府、市人大工委交办的监察工作事项；起草向监察厅、市人大、市市政府的监察工作情况汇报；负责以监察局或局办公室的名义与市政府各部门和各县市政府的联系；承办监察局召开的专项会议的会务工作；负责监察局特邀监察员的工作联系和管理工作；承办局长办公会议交办的其他事宜。
（三）党风廉政建设室（挂周口市市政府纠正行业不正之风办公室牌子）
负责监督检查、综合分析全市党风廉政建设情况，提出加强党风廉政建设的意见；组织实施全市性或重要的党风廉政建设检查活动；协调、监督、检查、指导全市政府系统纠正行业不正之风的工作。
（四）执法监察室
负责监督检查市直各部门、各县市贯彻执行党的路线、方针、政策和国家法律、法规、决定、命令的情况；组织开展全市性或重要的执法监察活动；参加市市政府及有关部门开展的专项检查活动；参与重大责任事故的调查处理工作。
（五）纪检监察一室
分管沈丘、商水、项城和市直财贸、农林水、乡镇企业口的案件检查工作。主要职责是：负责分管县市和市直部门市管干部违法违纪案件和其他重要、复杂案件的调查工作；监督检查分管县市和市直部门及其领导干部遵守党章，贯彻执行党的路线、方针、政策和国家法律、法规、决定、命令的情况；参加涉及分管县市和市直部门的全市性或重要的党风廉政建设检查活动；综合、协调、指导分管县市和市直部门的纪检监察工作。
（六）纪检监察二室
分管周口市、西华、扶沟、太康、泛区农场、周口监狱和市直党群、政法口的案件检查工作。其职责与纪检监察一室相同。
（七）纪检监察三室
分管淮阳、郸城、鹿邑和市直工交、文教卫、市政府综合口的案件检查工作。其职责与纪检监察一室相同。
（八）案件审理室
负责审理由市纪委、监察局检查处理或同级党委、政府审批的案件；审理报送上级纪检、监察机关和党中央、国务院、省委、省政府审批的案件；审批下级纪检监察机关报送的特别重要或复杂的案件；审核备案的案件；受理党员、国家工作人员不服党纪、政纪处分的申诉和需要复查、复议、复审、复核的案件；承担监察局在行政诉讼中的应诉事宜。
（九）信访室（挂市政府举报中心牌子）
负责办理群众来信来访和举报事项；受理涉及党风党纪和政风政纪问题的检举、控告、申诉；办理本机关和上级有关部门交办的信访案件；综合所映带普遍性和倾向性的信访信息。
（十）干部管理室
指导全市纪检监察组织建设工作，审核市直纪检监察机构领导干部和各县市纪委、监察局领导班子人选；办理派驻机构除市管干部以外的纪检监察干部的任免手续；制定全市纪检监察干部培训规划并组织实施；负责机关人事管理工作。
（十一）宣传教育室
负责宣传党的纪检监察工作的方针、政策；配合有关部门重点抓好党风党纪、政风政纪教育；制订全市纪检监察宣传教育规划，并组织实施。
（十二）调查研究室
承担对全市纪检监察重大课题的调查研究工作；负责纪检监察工作的理论和政策研究，以及市委、市政府交办的调研事宜。