内设19个职能科（室）和老干部科。
   （一）综合科
   负责市政府综合性会议文字材料的起草、把关和市政府大型活动的安排等有关具体工作；组织综合调研，负责编发《周口政报》。
   （二）信息调研科
   负责政务信息的收集、编发和新闻联络工作。
   （三）秘书科
   负责市政府和政府办公室文件的起草、审核、把关及文件的登记和传递。
   （四）一科
   负责市长日常活动安排、市长的重要讲话的起草和整理工作。
   （五）二科
   办理市政府办公室、发展计划委员会、财政局、监察局、审计局、人事局、编办、地税局、国税局、烟草局、人民银行、市政府驻京联络处、驻郑办事处、人民防空办公室等方面的文电，承担市政府召开的有关会议的会务工作。
   （六）三科办理经贸委、交通局、公路局、邮政局、电业局、医药局、铁路局、质量监督局、工商银行、建设银行、中国银行、电信公司、移动通讯公司、联通公司、长途线路局等方面的文电，承担市政府召开的有关会议的会务工作。
   （七）四科
   办理教育局、计生委、文化局、卫生局、广播电视局、体育运动局、信访局、民族宗教局、史志办、无委办、科学技术局等方面的文电，承担市政府召开的有关会议的会务工作 。
   （八）五科
   办理旅游局、工商局、外贸局、环保局、粮食局、盐务局、农发行、人寿保险公司、人民保险公司、石油公司等方面的文电，承担市政府召开的有关会议的会务工作。
   （九）六科
   办理农业局、水利局、林业局、农机局、畜牧局、气象局、乡镇企业局、农业综合开发办、农业银行、农科所、能源办等方面的文电，承担市政府召开的有关会议的会务工作。
   （十）七科
   办理国土资源局、建设局、劳动与社会保障局、统计局、公安局、民政局、司法局、公用事业局、房产局、经济技术开发区、残联等方面的文电，承担市政府召开的有关会议的会务工作。
   （十一）机要科
   负责市政府及上级文件的收发、传递、印章使用及档案管理工作。
   （十二）人事科
   负责办公室及直属单位和代管单位的人事管理、机构编制管理、职工培训教育工作。
   （十三）行政科
   负责市政府办公室机关的财务和国有资产的管理及行政事务管理工作。
   （十四）保卫科
   负责市政府机关及家属院的安全保卫工作。
   （十五）值班室
   负责市政府二十四个小时的全天值班、市长热线和以市政府或市政府办公室名义召开的各种会议的通知。
    (十六) 目标办
   负责制订全市年度工作目标，分解下达市直各单位和各县市区的目标；负责目标管理工作的年终考评与奖惩；编印《目标管理》刊物。
   （十七）督察室
   负责督促上级和本级政府重大决策和重要工作的部署和重要文件的落实；负责办理上级领导批示的督办查办案件和人大、政协交市政府办理的建议和提案；负责印发市政府《领导批示》、《周口政务督查》等工作。
   （十八）法制室
   负责市政府法制工作的规划实施及行政案件的复议，负责市直各单位以及各县市区的法制工作人员培训工作。
   （十九）接待科
   负责上级领导来周视察和兄弟地市领导来周的接待服务工作。
   （二十）老干部科
   负责市政府机关离退休人员的管理和服务工作。机关党组织机构按有关规定设置。